Les Comtoises se caractérisent par la présence de deux mécanismes, le premier pour le mouvement et le second pour la sonnerie. Ces mécanismes sont situés côte à côte dans une cage en fer démontable. L'entraînement est effectué par 2 poids en fonte, la régulation est assurée par un long balancier (ou pendule).

Le cadran des Comtoises comporte très souvent une signature avec, en dessous, le nom d'une ville ou d'une localité. Cette signature correspond rarement au fabricant, mais plus souvent au nom du revendeur. La localité indiquée ne correspond, le plus souvent, qu'à la ville du revendeur, les mécanismes étant uniquement produits dans le Jura français.

À l'origine, les Comtoises sont conçues pour les foyers ruraux, elles sont bon marché, solides et relativement précises. La sonnerie des heures s'entend dans toute la maison.

De nombreuses variations existent. On peut même considérer qu'au XVIIe siècle et au XVIIIe siècle, chaque horloge est pratiquement unique. En effet, à cette époque chaque artisan horloger est indépendant, sa production annuelle est de quelques dizaines d'horloges. Il réalise lui-même la quasi-totalité des pièces nécessaires.